Основными компонентами организационной структуры ПРИОР являются:

• Организация-координатор
• Организации-координаторы в регионах
• Информационно - аналитический центр
• Коллективы исполнителей проектов
• Новые организации, создаваемые в ходе реализации отдельных проектов

На Оргконференции ПРИОР, состоявшейся 29-30 ноября 2001 г., было признано нецелесообразным создавать отдельное юридическое лицо для обеспечения функционирования. Различные функции в настоящее время распределены между уже существующими организациями-партнерами. До настоящего времени это решение не пересмотрено.